Spatially Resolved Genetic Analysis of Tissue Sections Enabled by Microscale Flow Confinement Retrieval and Isotachophoretic Purification. (16th September 2019)

• Record Type: Journal Article
• Authors: van Kooten, Xander F.; Petrini, Lorenzo F. T.; Kashyap, Aditya; Voith von Voithenberg, Lena; Bercovici, Moran; Kaigala, Govind V.
• Is Part Of: Angewandte Chemie. Volume 131:Number 43(2019)
• Page Start: 15403
• Page End: 15406
• Publication Date: 2019-09-16
• Subjects: Gensequenzierung -- Gewebesektion -- Isotachophorese -- Krebs -- Tumorheterogenität; Chemistry -- Periodicals; 540
• DOI: 10.1002/ange.201907150
• Languages: English
• ISSNs: 0044-8249

Abstract

Abstract: We have developed a method for spatially resolved genetic analysis of formalin‐fixed paraffin‐embedded (FFPE) cell block and tissue sections. This method involves local sampling using hydrodynamic flow confinement of a lysis buffer, followed by electrokinetic purification of nucleic acids from the sampled lysate. We characterized the method by locally sampling an array of points with a circa 200 μm diameter footprint, enabling the detection of single KRAS and BRAF point mutations in small populations of RKO and MCF‐7 FFPE cell blocks. To illustrate the utility of this approach for genetic analysis, we demonstrate spatially resolved genotyping of FFPE sections of human breast invasive ductal carcinoma. Abstract : Räumliche Sequenzierung : Eine Methode für die räumlich aufgelöste genetische Analyse von FFPE‐Zellblock‐ und Gewebesektionen wurde entwickelt. Sie umfasst lokale Probenahme mit hydrodynamischer Strömungsbeschränkung eines Lysepuffers, elektrokinetische Aufreinigung von Nukleinsäuren aus dem Lysat sowie Detektion einzelner Punktmutationen durch Amplifikation und Sequenzierung.