Absolute Quantifizierung nicht‐kodierender RNA‐Spezies mittels Mikroskala‐Thermophorese. (2nd May 2019)

• Record Type: Journal Article
• Authors: Jacob, Dominik; Thüring, Kathrin; Galliot, Aurellia; Marchand, Virginie; Galvanin, Adeline; Ciftci, Akif; Scharmann, Karin; Stock, Michael; Roignant, Jean‐Yves; Leidel, Sebastian A.; Motorin, Yuri; Schaffrath, Raffael; Klassen, Roland; Helm, Mark
• Is Part Of: Angewandte Chemie. Volume 131:Number 28(2019)
• Page Start: 9666
• Page End: 9670
• Publication Date: 2019-05-02
• Subjects: Fluoreszenz -- Hybridisierung -- Mikroskala-Thermophorese -- RNA-Quantifizierung -- tRNA-Stabilität; Chemistry -- Periodicals; 540
• DOI: 10.1002/ange.201814377
• Languages: English
• ISSNs: 0044-8249

Abstract

Abstract: Die genaue Quantifizierung nicht‐kodierender RNA‐Spezies hat sich in jüngerer Zeit als dringendes Problem herauskristallisiert, das unter anderem Anwendung in der RNA‐Modifikationsanalytik, der Untersuchung von Gewebedifferenzierung und vielen anderen Bereichen findet. Wir stellen hier einen hybridisierungsbasierten Ansatz vor, der die Mikroskala‐Thermophorese (MST) als sehr schnelles und hochpräzises Verfahren verwendet, um z. B. einzelne tRNA‐Spezies mit einer Durchlaufzeit von etwa einer Stunde zu quantifizieren. Mithilfe der MST wurde u. a. die Wirkung von tRNA‐Toxinen, Hitzestress sowie von RNA‐Modifikationen auf einzelne tRNA‐Spezies untersucht. Eine vergleichende Analyse ergab weiterhin signifikante Unterschiede zu RNA‐Seq‐basierten Quantifizierungsansätzen, was auf eine Verzerrung letzterer aufgrund von tRNA‐Modifikationen hindeutet. Weitere Anwendung fand die Methode bei der Bestimmung von rRNA sowie von PolyA‐Fraktionen in zellulärer RNA. Abstract : Ein neues Verfahren zur absoluten Quantifizierung von nicht‐kodierender und kodierender RNA mittels Mikroskala‐Thermophorese wurde entwickelt. Es beruht auf Hybridisierung einer Ziel‐RNA an eine komplementäre fluoreszenzmarkierte DNA‐Sonde und anschließender Detektion der Thermophorese. Die Methode kann zur genauen Quantifizierung von tRNAs, rRNAs und polyA‐RNA‐Pools eingesetzt werden.