Test performance study for detection of Ralstonia solanacearum and Clavibacter sepedonicus in potato tubers with TaqMan PCR. (4th March 2020)

• Record Type: Journal Article
• Authors: Vreeburg, R. A. M.; Nas, M.; De Paepe, B.; Dreo, T.; Gottsberger, R. A.; Fornefeld, E.; Fraser, K.; Leonard, S.; Le Roux, A. C.; Meekes, E. T. M.; Rivoal, C.; Smits‐Mastebroek, L.; van Vaerenbergh, J.
• Is Part Of: Bulletin OEPP. Volume 50:Number 1(2020)
• Page Start: 177
• Page End: 185
• Publication Date: 2020-03-04
• Subjects: Plant diseases -- Periodicals; Plants, Protection of -- Periodicals
• DOI: 10.1111/epp.12650
• Languages: English
• ISSNs: 0250-8052

Abstract

Abstract : A test performance study (TPS) was organized in 2018 with ten official testing laboratories to evaluate the performance of different real‐time PCR tests for the detection of Clavibacter sepedonicus and/or Ralstonia solanacearum in potato tubers. Participants were sent spiked potato extracts with low (0.8–1.2 × 10 4 cfu mL ‐1 ), medium (1.6–2.4 × 10 5 cfu mL ‐1 ) and high (1.6–2.4 × 10 7 cfu mL ‐1 ) bacterial loads, DNA extracts thereof and heel‐end cores from symptomatic potato tubers. The four real‐time PCR tests in this TPS for detection of C. sepedonicus were considered fit for purpose as principal screening methods. Two real‐time PCRs in this TPS were considered fit for purpose as principal screening methods for detection of R. solanacearum. A third real‐time PCR missed 23% of the DNA samples from low‐level R. solanacearum spikes and is considered not fit for purpose as a principal screening method. Correct identification of spiked samples was lower when DNA extraction from the spiked samples was performed by the participating laboratories, highlighting the importance of appropriate DNA extraction protocols. Étude de performance de tests pour la détection de Ralstonia solanacearum et Clavibacter sepedonicus sur tubercules de pomme de terre par PCR TaqMan temps réel: Une étude a été organisée en 2018 avec dix laboratoires d'analyse officiels pour évaluer les performances de différents tests par PCR en temps réel pour la détection de Clavibacter sepedonicus et/ou de Ralstonia solanacearum sur tubercules de pomme de terre. Les participants ont reçu des extraits de pommes de terre enrichis contenant des charges bactériennes faibles (0.8‐1.2x10 4 cfu mL −1 ), moyennes (1.6‐2.4x10 5 cfu mL −1 ) et élevées (1.6‐2.4x10 7 cfu mL −1 ), des extraits d'ADN provenant de ces échantillons, ainsi que des carottes vasculaires de talons de tubercules provenant de pommes de terre symptomatiques. Les quatre tests PCR temps réel évalués au cours de cette étude de performance pour la détection de C. sepedonicus ont été jugés appropriés pour servir de principal test de dépistage. Deux tests PCR temps réel évalués au cours de cette étude de performance ont été jugés appropriés pour servir principal test de dépistage de R. solanacearum . Une troisième PCR temps réel n'a pas permis de détecter R. solanacearum dans 23 % des échantillons d'ADN provenant des extraits faiblement enrichis et ce test PCR n'est donc pas considéré comme permettant de servir de principal test de dépistage. L'identification correcte des échantillons préalablement enrichis était moins bonne lorsque l'extraction de l'ADN avait été effectuée par les laboratoires participants, ce qui souligne l'importance d'utiliser des protocoles appropriés pour cette extraction. Изyчeниe пpoизвoдитeльнocти тecтиpoвaния для oбнapyжeния Ralstonia solanacearum и Clavibacter sepedonicus в клyбняx кapтoфeля c пoмoщью ПЦP TaqMan: B 2018 гoдy дecятью oфициaльными диaгнocтичecкими лaбopaтopиями былo opгaнизoвaнo иccлeдoвaниe пpoизвoдитeльнocти тecтиpoвaния (TPS) для oцeнки пpoизвoдитeльнocти paзличныx тecтoв ПЦP в peaльнoм вpeмeни c цeлью выявлeния Clavibacter sepedonicus и/или Ralstonia solanacearum в кapтoфeльныx клyбняx. Учacтникaм были пpиcлaны пpoбы c дoбaвкaми низкoй (0.8‐1.2x10 4 кoлoниeoбpaзyющиx eдиниц нa миллилитp), cpeднeй (1.6‐2.4x10 5 кoлoниeoбpaзyющиx eдиниц нa миллилитp) и выcoкoй (1.6‐2.4x10 7 кoлoниeoбpaзyющиx eдиниц нa миллилитp) бaктepиaльнoй нaгpyзкoй, иx экcтpaкты ДHК и кoнeчныe вacкyляpныe ядpa из cимптoмaтичecкиx клyбнeй кapтoфeля. Bce чeтыpe тecтa ПЦP в peaльнoм вpeмeни были coчтeны пpигoдными для иcпoльзoвaния в этoм TPS в кaчecтвe ocнoвныx мeтoдoв cкpинингa для oбнapyжeния C. sepedonicus. Двa ПЦP в peaльнoм вpeмeни были coчтeны пpигoдными для иcпoльзoвaния в этoй TPS в кaчecтвe ocнoвныx мeтoдoв cкpинингa для выявлeния R. solanacearum . Tpeтья ПЦP в peaльнoм вpeмeни пpoпycтилa 23% пpoб ДHК c низким ypoвнeм дoбaвoк R. solanacearum и cчитaeтcя нeпpигoднoй для иcпoльзoвaния в кaчecтвe ocнoвнoгo мeтoдa cкpинингa. Пpaвильнaя идeнтификaция пpoб c дoбaвкaми былa нижe, кoгдa извлeчeниe ДHК из пpoб c дoбaвкaми пpoвoдилocь yчacтвyющими лaбopaтopиями, чтo пoдчepкивaeт вaжнocть нaличия пoдxoдящиx пpoтoкoлoв пo извлeчeнию ДHК.